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    Activemotif-ATAC-Seq试剂盒介绍

    发布时间: 2022-12-20  点击次数: 371次

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    ATAC-Seq试剂盒

    Assay for Transposase-Accessible Chromatin 通常简称为ATAC-SeqATAC-Seq方法依赖于使用超活性转座酶Tn5构建二代测序(NGS)文库。NGS测序所需的adapter被预加载到了Tn5转座酶上,这允许染色质片段化和adapter的连接同步进行,生成的DNA文库可以通过NGS进行测序,并使用生物信息学分析具有开放或可及染色质的基因组区域。

    与其它技术(如FAIRE-SeqDNase-Seq)相比,ATAC-Seq的主要优势在于检测所需的细胞数量较少,且实验方法相对简单。

    ATAC-Seq实验一般只需要大约50000个细胞作为起始材料,并且由于其相对较简单的两步法实验步骤,使得它成为了开启表观研究的常用方法。无论您是想分析样本中染色质的状态,还是比较特殊处理前后的染色质状态,ATAC-Seq都可以帮您研究全基因组染色质的变化,并可以为后续实验中应该研究哪种表观遗传修饰或转录因子以及应该使用哪种方法来研究它们提供指导。

    ATAC-Seq试剂盒

    在全基因组范围内分析开放的染色质区域。

    ATAC-Seq试剂盒总览

    名称格式猫号。价格 ATAC-Seq 试剂盒16 rxns 5315015,600购买寻找批量重组 Tn5转座酶?引用一下。需要复用16个以上的样品吗?参见我们的 NexteraTM 兼容多重引物(96)

    ATAC-Seq是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。ATAC-Seq方法快速,简便,适用于广泛的样品类型,已成为常用的表观遗传学分析方法,并且可以作为更深入的表观遗传学分析的基础。

    ATAC-Seq实验中,用高活性的突变Tn5转座酶处理来自细胞或组织样品的完整细胞核。该转座酶把DNA片段化的同时用测序接头标记靶DNA

    Active MotifATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,可以从20 – 30 mg组织或50,000 – 100,000个细胞中生成16种不同的ATAC-Seq文库。经过优化的方案将指导您完成样品制备、DNA片段标记和文库构建的步骤,构建可在单个测序反应中进行多重测序的文库。

    ATAC-Seq试剂盒亮点

    显示开放染色质区域的基因组序列

    仅需数小时即可完成NGS文库制备

    简单,快速的实验步骤与优化的试剂

    ATAC-Seq试剂盒组分

    ATAC-Seq试剂盒包含两盒组分,其中-20°C保存的一盒组分干冰运输,4°C保存的另一盒组分室温运输。次使用后,请根据说明书中的存放条件保存。妥善保管的试剂自收货之日起可稳定保存6个月。

    试剂包括

    ATAC 裂解缓冲液,存储在 RT 组装的转座体中,存储在 -20 ° C 2X 标记缓冲液中,存储在 -20 ° C 1X 标记缓冲液中,存储在 -20 ° C RT10X 标记缓冲液中,存储在 RT10% 吐温20,存储在 RT1% 数字蛋白,存储在 -20 ° C DNA 纯化柱,存储在 RTDNA 纯化结合缓冲区,存储在 RTDNA 纯化洗涤缓冲区,存储在 RTDNA 纯化洗脱缓冲区,存储在 RT3M 醋酸钠,存储在 RT10mM dNTP,存储在 -20 ° C 5X Q5缓冲区,存储在 -20 ° C Q5高保真 DNA 聚合酶,储存在 -20 ° C i7索引引物1,储存在 -20 ° C i7索引引物2,储存在 -20 ° C i7索引引物3,储存在 -20 ° C i7索引引引物4,储存在 -20 ° C i5索引引物1,储存在 -20 ° C i5索引引物2,储存在 -20 ° C i5索引引引物3,储存在 -20 ° C i5索引引引物4,储存在 -20 ° C SPRI 珠,储存在4 ° C

    ATAC-Seq试剂盒数据

    ATAC-Seq试剂盒包含进行16ATAC-Seq反应所需的试剂和酶。这些试剂盒组分经过优化,可以高效工作,经验证可以生成高质量的ATAC-Seq数据。

     

    揭示启动子处染色质的开放位置

    具有转录活性的基因,其启动子处的染色质通常是开放的或可及的。ATAC-Seq分析会在这些位置产生峰,揭示正在研究的样品中开放的染色质区域。

    1ATAC-Seq试剂盒实验结果展示在基因组浏览器中。ATAC-Seq试剂盒用于评估小鼠脑组织样品的全基因组开放染色质状态。此处显示的基因组浏览器轨迹位于FOXP3基因位置,该基因编码有丝分裂后神经元的生物标记物。峰表明在FOXP3基因的启动子上有开放的染色质。

    试剂盒实验结果与已发表数据高度相关

    Active MotifATAC-Seq试剂盒可生成高质量数据。使用ATAC-Seq试剂盒产生的ATAC-Seq数据与已发表的ATAC-Seq数据具有很好的相关性,这突出说明了该检测方法的可靠性和可重复性。

    ATAC-Seq RKPM Data

    2ATAC-Seq试剂盒文库与已发表的ATAC-Seq数据集的相关性。该图显示了在GM12878细胞中,已发表的ATAC-Seq(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)数据的峰中的RPKM信号与使用试剂盒生成的数据集之间的相关性为0.94

     

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