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    Seaphages宿主细菌简介

    发布时间: 2022-09-16  点击次数: 36次

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    Seaphages

     

    宿主细菌

    拥有800 多个已测序的分枝杆菌噬菌体,我们热衷于扩大我们的网络,将在放线菌门内其他宿主上分离的噬菌体包括在内。这包括噬菌体,如节杆菌属、戈登氏菌属和红球菌属。

     

    作为实现这一激动人心目标的手段,SEA-PHAGES 团队将分3 个阶段对新的放线菌宿主进行试验,每个阶段都将告知下一个最终目标,即建立*佳实践以协助整个 SEA 的噬菌体工作。

     

    SEA-PHAGES 教师可以自愿参与这项工作的任何或所有步骤。各阶段描述如下。

     

    单击此处查看当前处于 SEA-PHAGES 管道中的主机。

     

    第一阶段:识别

    识别阶段是将主机添加到我们的集合的第一步。此阶段的目标是确定宿主是否普遍适合课堂噬菌体环境。这一阶段可能由匹兹堡大学的 Hatfull 实验室、HHMI SEA-phages 小组或 SEA-PHAGES 计划内的任何机构进行。

     

    您可以通过选择要处理的放线菌宿主并确定以下内容来参与此阶段:

     

    生长参数(培养基、温度、孵育时间、菌落形态)

    使用富集发现噬菌体的频率

    请注意,处于鉴定阶段的宿主可能只是经过初步测试(即菌落和草坪可以在固体培养基上生长)。因此,这一阶段的测试可能适合独立实验室项目。如果您有兴趣选择除试点之外的放线菌宿主,我们建议您使用符合以下标准的宿主。

     

    是一种 BSL1 放线菌

    具有与课堂时间表兼容的生长条件

    像草坪一样容易生长

    可以分发给或可供 SEA-PHAGES 社区使用

    第 2 阶段:试点

    当宿主已经充分表征并确定了获得斑块的基本指南时,它们可能会进入试验阶段。此阶段的目标是在许多不同的实施环境中测试主机,并收集有关在 SEA-PHAGES 教室中使用主机的大量数据。这一阶段通常由 SEA-PHAGES 领导层协调,并涉及在同一学年在同一主机上工作的多个机构。

     

    如果您选择参与试点阶段,您将测试以下参数:

     

    噬菌体感染(富集、斑块形成/形态、缓冲液、滴度、储存)

    分子生物学(DNA 提取、限制性分析、测序、电子显微镜)

    第 3 阶段:验证

    经过验证的主机现已准备好在 SEA-PHAGES 教室中广泛使用。基于试验数据的标准化协议可用于补充资源指南,协议发布在 PhagesDB 上。

     

    主机选择指南

    新的 SEA-PHAGES 学院

    我们强烈鼓励所有新加入 SEA-PHAGES 计划的教职员工在采用新宿主之前使用 SEA 团队为您选择的细菌宿主成功实施一年的课程。成功的一年将需要通过向 GenBank 提交至少一个带注释的基因组来分离噬菌体。

     

    目前的 SEA-PHAGES 教师

    欢迎以前实施过 SEA-PHAGES 计划的教职员工参与开发新宿主的所有阶段。如果您决定测试新主机,请通过 info@seaphages.org 向 SEA-PHAGES 团队发送电子邮件,并附上您选择的主机和您打算如何实施试点的简要说明(例如在实验室中或在教室)。

     

    与新主机合作

    当您开始使用新宿主时,我们建议您按照资源指南或 PhagesDB 提供的协议中描述的耻垢分枝杆菌mc 2 155 的说明进行操作,但有以下关键例外。

     

    首先在 30°C 的 PYCa 培养基中培养新的放线菌。准备 PYCa 媒体的协议可以在 PhagesDB 中找到。一旦您熟练使用新宿主,您就可以测试替代生长培养基和温度。

    可以在 PhagesDB 上找到使用新主机的其他注意事项。

     

    我们要求在新主机上工作的教职员工保持严谨的笔记,以便我们能够快速有效地建立*佳实践。与新主机合作的数据将使用 SEA-PHAGES 团队发送的在线数据收集表收集。您可以在此处查看数据收集表,以熟悉将被请求的信息类型。

     

    SEA-PHAGES 宿主细菌的当前管道

    耻垢分枝杆菌 mc²155

    已验证| 空中交通管制委员会: 700084

     

    协议

     

    噬菌体:发现 11861 个| 2109 已测序

     

    球形节杆菌 B-2979

    已验证

     

    噬菌体:发现 561个| 144 测序

     

    节杆菌属 空中交通管制委员会 21022

    已验证| 空中交通管制委员会: 21022

     

    噬菌体:发现 707个| 226 测序

     

    灰色链霉菌 ATCC 10137

    已验证| 空中交通管制委员会: 10137

     

    噬菌体:发现 444个| 109 测序

     

    Gordonia rubripertincta NRRL B-16540

    已验证

     

    噬菌体:发现 254 个| 85个测序

     

    Gordonia terrae 3612

    已验证| 空中交通管制委员会: 25594

     

    噬菌体:1917 年发现| 464 已排序

     

    小叶微杆菌 NRRL B-24224

    已验证

     

    噬菌体:发现 3191个| 437 已排序

     

    红球菌 RIA 643

    试点| 空中交通管制委员会: 15903

     

    最初在 ATCC 上列为红球菌。

     

    噬菌体:发现 95 个| 41个测序

     

    链霉菌 xanthochromogenes NRRL B-5410

    试点

     

    噬菌体:发现 45 个| 19 测序

     

    短杆菌 NRRL B-14687

    试点

     

    噬菌体:发现 3 个| 1 个已排序

     

    绿色发色链霉菌 DSM40736

    鉴别

     

    噬菌体:发现 27个| 18个测序

     

    葡萄球菌NCIB 9291

    识别| 空中交通管制委员会: 10234

     

    噬菌体:发现 13 个| 8 测序

     

    副氧化微杆菌 NWU1

    鉴别

     

    被内布拉斯加卫斯理大学隔离

     

    噬菌体:发现 212 个| 29 测序

     

     

     

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